西南大学荣昌校区（southwest university），位于中国畜牧科技城、国家现代畜牧业示范区核心区——重庆市荣昌区，坐落于濑溪河畔，是重庆市园林式单位；荣昌校区是西南大学设立的高水平多学科特色校区，是西南大学“一校两地”办学格局中的重要组成部分，根据学校最新研究部署，西南大学将下属二级学院中的动物科学技术学院、动物医学院、水产学院、商贸学院设在荣昌校区，形成了“学校一体化管理、校区统筹、四院一部办学”的总体格局。1978年升建为四川畜牧兽医学院。
2001年与原西南农业大学、中国农科院柑桔研究所合并成立新的西南农业大学，校区更名为西南农业大学荣昌校区。
2005年西南农业大学与西南师范大学合并成立西南大学，校区更名为西南大学荣昌校区。
   
2017年荣昌校区机制体制改革文件出台，西南大学下发了《西南大学荣昌校区办学体制改革方案》，进一步明确荣昌校区是西南大学办学体系的重要组成部分，是集多年办学传统和荣昌区独特的区位优势，以动物学科为主要特色、多学科协调发展、产学研紧密结合、服务地方经济社会发展、培养高素质应用型人才的高水平特色校区。西南大学荣昌校区办学将以普通本科教育为主，积极发展专业学位为主的研究生教育，适当发展网络继续教育。通过改造、新增等方式实现校区专业结构优化，形成以“动物科学、动物医学、水产养殖和畜牧物流、贸易为主线，信息技术为手段”的本科专业格局，实现与西南大学本部差异化发展，标志着学校深化荣昌校区办学体制机制改革翻开新的一页，荣昌校区教育事业开启了新的征程。
   
2017年7月西南大学在荣昌校区新成立西南大学动物科学学院、西南大学商贸学院。这两个学院为西南大学直属二级学院，由西南大学统一管理。
   
2020年7月24日，学校在荣昌校区召开干部大会，宣布干部任免决定。会上，杨爱华同志宣读了成立动物科学技术学院、动物医学院、水产学院和有关干部任免文件。张卫国校长讲话回顾了养殖学科专业调整的艰辛历程。张校长说，学校对养殖学科高度重视，动物科学技术学院、动物医学院、水产学院的成立，标志着学校养殖学科建设发展迈出了非常重要的一步。新成立的三个学院一定要把养殖学科的特色优势传承好、发展好，创建一流养殖学科；要进一步提升服务国家战略的能力，为成渝地区双城经济圈建设，为国家乡村振兴和生态文明建设作出应有的贡献；要努力打造一流专业，构建一流人才培养模式，培养新农科人才。据悉，动物科学技术学院、动物医学院、水产学院的成立标志着学校养殖学科专业调整基本完成。
   
根据2020年7月，西南大学进行最新院系调整之后，荣昌校区现设有4个学院，即动物科学技术学院、动物医学院、水产学院、商贸学院。四个学院由西南大学统一部署和管理，校区和各学院将在学校党委、行政的坚强领导下，按照第三次党代会绘就的蓝图，为西南大学建设特色鲜明的世界一流大学的目标不懈奋斗